广大的海拉鲁各地出现了不明裂缝，并且引发将人与物体吞没的“神隐”现象。剑士林克也因遭到神隐而失去踪迹。

幸存的萨尔达公主遇见了妖精“托力”，并从他那里得到不可思议的魔杖“托力之杖”。为了拯救人民与林克，萨尔达公主与托力携手踏上了海拉鲁巡回之旅。

萨尔达公主可借由托力之杖的力量使出“复制”之力，以此复制海拉鲁中各式各样的物品。例如桌子、木箱、床等等。

任何东西只要复制过一次，随时随地都能再现。举例来说，只要做出一张桌子来制造高低差，就能跳过挡住去路的悬崖。

与海拉鲁中的怪物战斗时，也能活用复制的力量。不仅可以复制出石头之类的东西扔向敌人进行攻击，还能复制出怪物，让他们代替萨尔达公主战斗。由于必须依照状况与属性选择适合的怪物，在战斗中如何活用智慧制定战略就成了关键所在。

除了战斗之外，还可以借助飞行怪物的力量进行空中滑翔、使用炎系怪物燃烧草木等等，为萨尔达公主的冒险提供各式各样的支援。

复制品的种类繁多，面对阻挡前路的谜题和魔物，要使用哪种复制品以及如何使用，全都交由玩家作主。不同的选择与判断会产生不一样的攻略方式，这就是《智慧的再现》要呈现给大家的冒险。

失去林克的海拉鲁世界，命运全掌握在萨尔达公主手中。