和一代一样，故事发生的世界仍是以中世纪欧洲为蓝本的世界。不过不同的是，这里除了剑与魔法外，还有机械集大成的飞空艇与地上战舰，除了六代、七代以及八代，这样的世界可说是FF的招牌之一。故事讲述了一个传统的反抗的题材：帕拉美吉亚帝国利用魔物对外扩张，令各国面临严重的危机。主角所居住的村庄亦毁于帝国的侵略，于是他和好友在魔导国家米西迪亚的白魔法师的帮助下，组成了对抗帝国的生力军。