游戏与同系列的前作《女神异闻录 2》的发布时间相隔七年。

2009 年 4 月。10 年前因事故而失去双亲而由亲戚养育的主角，因为家庭的事情而转校到小中一条龙学校“私立月光馆学园”的高中部中。在入住学生宿舍后不久，他就被奇形怪状的怪物“影”袭击，令隐藏在他体内 Persona 的能力苏醒。因为这个契机，主角被迫知道这个被掩盖的世界真实的一端。

那就是“影时间”，一天与另一天之间存在着的隐藏时间，“影”就是这个影时间的居民。在影时间中，普通人会变成棺柩形的形态，失去这时的记忆 (这称为“象征化”)。所以大部分的人都不知道影时间的存在，但有一少部分人，在影时间还保持着人的形态，那些人会……显示全部被影吃掉他们的精神，而成为无力状态 (影人)。

在月光馆学园理事长几月修司下，组成使用 Persona 的影讨伐部队“特别课外活动部”。得到特殊 Persona 能力的主角被部长桐条美鹤的看中，成为队员与特别课外活动部的队长与危害人类的影作战。